Im Einschätzungsverfahren für die Steuerperiode 1.1. - 31.12.2007 führte der Steuerkommissär ein Auflageverfahren durch, womit er u.a. den Grund für die Bildung der Wertschwankungsreserve untersuchte. Nach Eingabe der Pflichtigen und Unterbreitung von Einschätzungsvorschlägen veranlagte er diese am 9. August 2010 sowohl hinsichtlich der direkten Bundessteuer als auch bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern mit einem steuerbaren Reingewinn von je Fr. 3'836'100.-. Dabei rechnete er die pauschale Wertschwankungsreserve von Fr. 2'500'000.- auf.