Am 21. Oktober 2009 schätzte der Steuerkommissär die Pflichtige für die Staats- und Gemeindesteuern 1.1. – 31.12.1999 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. … und einem steuerbaren Eigenkapital von Fr. 217'000.- ein und stellte für die direkte Bundessteuer die Einschätzung mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. … und einem Eigenkapital von Fr. 217'348.- in Aussicht. Darin rechnete er den Erlös von Fr. 9'009'000.- aus dem "Verkauf Beteiligung F" sowie von der F AG geleistete Zinsen von Fr. 18'000.- auf und verwies zur Begründung auf Ziff. 3.6 des Berichts ASU.