1. Der Rekurs und die Beschwerde werden gutgeheissen, soweit auf diese
einzutreten ist. Der steuerbare Reingewinn ist auf Fr. 0.– festzulegen.

2. Der Rekurrentin wird eine Spruchgebühr von Fr. 3'000.– auferlegt und mit dem
geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 8'000.– verrechnet. Der Mehrbetrag von
Fr. 5'000.– wird der Rekurrentin zurückerstattet.

3. Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.

4. Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen seit der Eröffnung beim
Schweizerischen Bundesgericht in Lausanne Beschwerde in öffentlich-rechtlichen
Angelegenheiten eingereicht werden.