Demnach erkennt das Verwaltungsgericht:
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1. Der Rekurs und die Beschwerde betreffend die Steuerperiode 2014 werden im
Sinne der Erwägung 10.1 teilweise gutgeheissen und zur Neuveranlagung der
Gewinnsteuern 2014 (Kantons- und Gemeindesteuern, direkte Bundessteuern) an
die Rekursgegnerin zurückgewiesen.

2. Auf den Rekurs und die Beschwerde betreffend die Steuerperiode 2013 wird nicht
eingetreten.

3. Die Spruchgebühr beträgt Fr. 5'000.–. Sie wird der Rekurrentin auferlegt und mit
dem von ihr bezahlten Kostenvorschuss in gleicher Höhe verrechnet.