En vertu de l'art. 4 al. 2 LPFES, la reconnaissance d'intérêt public fonde le droit de l'établissement à la contribution financière de l'Etat (financement des charges d'investissement et d'exploitation – cf. art. 25 ss LPFES). En revanche, les établissements sanitaires privés ne bénéficient en principe pas de subventions de l'Etat (art. 3 al. 3 LPFES).
Conformément à l'art. 4 al. 3 et 4 LPFES, la reconnaissance d'intérêt public d'un établissement sanitaire est décidée par le département cantonal (Département de la santé et de l'action sociale, DSAS), qui peut l'accorder pour une durée limitée et l'assortir de conditions ou de charges.