B. Dans son préavis du 25 juin 2008 sur la validité de l'initiative, le Conseil d'Etat avait attiré l'attention sur la contrariété de certaines dispositions proposées avec l'accord intercantonal sur l'harmonisation de la scolarité obligatoire (Accord HarmoS) et la convention scolaire romande, qui n'étaient pas encore en vigueur. Compte tenu notamment des modifications que cette entrée en vigueur rendrait nécessaires, le Conseil d'Etat annonçait d'ores et déjà qu'il proposerait au Grand Conseil d'opposer un contre-projet à l'initiative.