Il diritto penale militare rispetto a quello civile ha valenza autonoma, seppure fonda sugli stessi principi e da esso poco si differenzia, in particolare per quanto riguarda la parte generale. E’ applicato dalla giustizia militare sulla base di una specifica procedura (PPM), che prevede segnatamente un obbligo di reciproca assistenza fra i tribunali militari e le autorità civili giudiziarie e amministrative della Confederazione e dei Cantoni (art. 18 PPM).