Im März 2006 wurde ein abgeändertes Projekt von der Altstadtkommission und der Baukommission genehmigt. Die bewilligten Pläne sahen erneut den Einbau von drei Lukarnen, zwei Dachflächenfenstern und einem Zuluftgitter vor.
Im Dezember 2006 reichte die Bauherrschaft ein nachträgliches Abänderungsgesuch ein. U.a. wurde ein drittes Dachflächenfenster und die neue Lage des Abluftkamins angezeigt. Am 18. Dezember 2006 genehmigte das Stadtbauamt die eingereichten Planänderungen unter Bedingungen und Auflagen: Es dürften wie bewilligt maximal zwei Dachflächenfenster angeordnet werden.
Die X. AG erhob gegen die Auflagen bezüglich Dachgestaltung Beschwerde beim Bau- und Justizdepartement (BJD).