Die Handänderungssteuer ist folglich nicht geschuldet und der Rekurs gutzuheissen.
Bei diesem Ergebnis ist im Übrigen nicht mehr zu erörtern, inwieweit die Auskünfte des Grundbuchnotars anlässlich der Verurkundung des Kaufvertrags beim Rekurrenten einen sog. «Vertrauensschutz» ausgelöst haben könnten.
6. Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Kosten zu erheben. Dem obsiegenden Rekurrenten ist zulasten des Staates eine Parteientschädigung zuzusprechen. Diese ist auf CHF 1'500.00 festzusetzen (inkl. Auslagen und MWST; §§ 3 und 160 f. Gebührentarif, BGS 615.11).
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Demnach wird erkannt:
1.