Sachverhalt
1. Die X. AG, die bereits Eigentümerin von 2'400 Aktien der Y. AG war, kaufte am 9. Dezember 2003 von der Zürcher Kantonalbank 6'578 Inhaberaktien der Y. AG, einer Immobiliengesellschaft mit Sitz in R./SO, zum Preis von Fr. 4'177‘030.--. Der erworbene Anteil beträgt 54.82 % aller Aktien. Nach Aussonderung der nichtliegenschaftlichen Werte ergab sich ein auf die Grundstücke entfallender Anteil des Kaufpreises von Fr. 3'253'310.-- bei einem gesamten Grundstückwert von Fr. 5'934'533.--.
2. Im Auftrag des Kantonalen Steueramtes eröffnete die Amtschreiberei der X. AG am 23. Juli 2004 eine Handänderungssteuer von Fr. 130'559.75. Sie berechnete 2.2