Das Steuergericht zieht in Erwägung:
1. Der Rekurs gegen die Verfügung betreffend Duldung einer Buchprüfung erfolgte form- und fristgerecht. Das Steuergericht ist sachlich zuständig (vgl. § 160 des Steuergesetzes, StG, BGS 614.11; siehe auch Richner et al., Handkommentar zum DBG, 3. Aufl., Zürich 2016, Art. 140 N 16). Auf den Rekurs ist damit einzutreten.
2. Art. 22 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) regelt in Verbindung mit Art.