Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer einen Teil der entstandenen Verfahrenskosten zu tragen, der Rest trägt der Staat. In Anwendung von §§ 3 und 150 des Gebührentarifs vom 8. März 2016 (GT; BGS 615.11) werden diese auf total Fr. 2‘087.-- festgesetzt und im Umfang von Fr. 960.-- dem Beschwerdeführer auferlegt (vgl. Art. 144 Abs. 5 DBG). Dem Beschwerdeführer ist zudem eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 500.-- (inkl. Auslagen und MWST) zuzusprechen (Art. 144 Abs. 4 DBG).
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Demnach wird erkannt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Antrag der Vorinstanz auf reformatio in peius wird abgewiesen.