Demnach wird erkannt:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, als das Betreibungsamt anzuweisen ist, dem Beschwerdeführer von dem von seinem Privatkonto gepfändeten Guthaben CHF 2'000.00 zurückzuerstatten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
Rechtsmittel: Gegen diesen Entscheid kann innert 10 Tagen seit Eröffnung des begründeten Urteils beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen eingereicht werden (Adresse: 1000 Lausanne 14). Die Frist wird durch rechtzeitige Aufgabe bei der Schweizerischen Post gewahrt. Die Frist ist nicht erstreckbar.