Demnach wird beschlossen:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird der Nachentscheid vom 13. September 2019 zum Urteil des Amtsgerichts Bucheggberg-Wasseramt vom 29./30. November / 1. Dezember 2016 aufgehoben.
2. A.___ ist per 5. Dezember 2019 aus der Sicherheitshaft zu entlassen.
3. Der Kanton Solothurn hat A.___ für die Zeit des ungerechtfertigten Freiheitsentzugs vom 27. September 2019 bis zum 5. Dezember 2019 eine Entschädigung von CHF 7'000.00 zu bezahlen.