II.
1. Das Rechtsmittel der Beschwerde gegen die Verfügung des Amtsgerichtspräsidenten von Thal-Gäu vom 13. Oktober 2016 ist zulässig (Art. 393 Abs. 1 lit. b StPO). Der Beschwerdeführer hat im Sinne von Art. 382 Abs. 1 StPO ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung der angefochtenen Verfügung. Auf die rechtzeitig und formrichtig (Art. 396 Abs. 1 StPO) eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer verkennt den Gegenstand der angefochtenen Verfügung: Der Amtsgerichtspräsident von Thal-Gäu ist auf die Einsprache vom 30. November 2016 nicht eingetreten.