Der Gewinn wurde entsprechend der Deklaration veranlagt. Gegen die Veranlagung erhob die T & Co. AG Einsprache mit dem Begehren, es seien nicht lediglich die mit der Grundstückgewinnsteuer im Jahr 2006 erfassten Mehrwerte von Fr. 787'000.--, sondern sämtliche bis zur Handänderung im Jahr 2006 realisierten Wertzuwachsgewinne von Fr. 3'286'465.-- aufzurechnen. Das kantonale Steueramt wies die Einsprache am 12. Mai 2011 ab, soweit es darauf eintrat.