1.- Die Eintretensvoraussetzungen sind von Amtes wegen zu prüfen. Die Verwaltungsrekurskommission ist zum Sachentscheid zuständig. Die Befugnis zur Beschwerdeerhebung ist gegeben. Die Beschwerde vom 4. März 2009 ist rechtzeitig eingereicht worden. Sie erfüllt zusammen mit der Ergänzung vom 3. April 2009 in formeller und inhaltlicher Hinsicht die gesetzlichen Anforderungen (Art. 140 Abs. 2 Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer, SR 642.11, abgekürzt: DBG; Art. 7 der Verordnung zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, sGS 815.1; Art. 41 lit. h Ziff. 1 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege, sGS 951.1, abgekürzt: VRP). Auf die Beschwerde ist einzutreten.