Erwägungen:

1.- Die Eintretensvoraussetzungen sind von Amtes wegen zu prüfen. Die
Verwaltungsrekurskommission ist zum Sachentscheid zuständig. Die Befugnis zur
Beschwerdeerhebung ist gegeben. Die Beschwerde vom 16. November 2009 (Datum
Poststempel: 20. November 2009) ist rechtzeitig eingereicht worden. Sie erfüllt in
formeller und inhaltlicher Hinsicht die gesetzlichen Anforderungen (Art. 140 Abs. 2
Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer, SR 642.11, abgekürzt: DBG; Art. 7 der
Verordnung zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, sGS 815.1; Art. 41 lit. h
Ziff. 1 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege, sGS 951.1, abgekürzt: VRP).
Auf die Beschwerde ist einzutreten.