Mit Entscheid vom 27. August 2004 hiess das Baudepartement den Rekurs gut und hob die Baubewilligung auf. Zur Begründung führte das Baudepartement im wesentlichen aus, gemäss Art. 6 Abs. 3 der besonderen Vorschriften zum Überbauungsplan Stephanshorn II (abgekürzt besV) seien im Geltungsbereich des Überbauungsplans Stephanshorn II auf Flachdächern lediglich technisch unumgängliche Aufbauten zulässig. Mobilfunkanlagen gehörten nicht zu diesen unumgänglichen Einrichtungen. Bereits die bestehende Mobilfunkanlage sei deshalb als baurechtswidrig zu qualifizieren, sie stehe aber unter der Bestandes- und Erweiterungsgarantie gemäss Art. 77bis Abs. 1 des Baugesetzes (sGS 731.1, abgekürzt BauG).