Nachdem sich das Bildungsdepartement auf Geheiss der Regierung aus dem Regelungsbereich zurückgezogen hatte, verblieb die Finanzierungszuständigkeit beim Gesundheitsdepartement und den Schulgemeinden. Der Verband St.Galler Volksschulträger (SGV) legte in der Folge zusammen mit dem Gesundheitsdepartement mit der jeweiligen Leitung der verschiedenen Klinik- und Spitalschulen im Kanton die Abrechnungsmodalitäten sowie die Beitragshöhe fest und publizierte diese im SGV-Newsletter vom September 2006. Aus Verhandlungen im Jahr 2015 zwischen dem SGV und dem Klinikleiter der Klinik Y.__ resultierte das Merkblatt des SGV zur Finanzierung der Spitalschulen vom 24. August 2015.