Par
ces motifs,
LA Ire COUR CIVILE
1. Admet le recours et annule le jugement du 3 septembre 2009 prononçant la faillite de D. Sàrl.
2. Met à la charge de la recourante les frais judiciaires, qu'elle a avancés, par 550 francs.
3. Invite le greffe du Tribunal cantonal à verser à la compagnie d'assurances X, le montant de 7'575.70 francs consigné à son intention par la recourante, et à restituer à la recourante les 110'000 francs consignés le 30 octobre 2009 sur le compte du Tribunal cantonal.
Neuchâtel, le 19 novembre 2009
AU NOM DE LA Ire COUR CIVILE
Le greffier Le président