Il s'est avéré ensuite que A.X. avait été taxé en 2005 et 2006 par les autorités françaises, des décomptes d'impôts émanant du centre des impôts de Thonon-Les-Bains. Dans sa décision du 1er novembre 2007, le service des contributions a procédé à une taxation, pour l'année 2006, de B.X. seule, tout en prenant en compte le salaire de A.X. figurant dans son certificat de travail pour déterminer le taux.
Le 29 novembre 2007, le service des contributions a adressé à A.X. un questionnaire pour la détermination de son domicile principal, à l'adresse de [...] NE. Ce questionnaire a été retourné par A.X. le 6 février 2008, avec la mention d'un domicile désormais situé à [...], en France.