Par décision du 10 juillet 2008, le Service des contributions a rejeté la réclamation et confirmé sa décision de taxation du 4 mars 2008, sous réserve d’une modification des bases imposables pour l’année 2004, qui étaient désormais fixées pour le canton de Neuchâtel, à 9'080'000 francs de capital imposable et 2'470'100 francs de bénéfice imposable. Le service a écarté la qualification d’immeuble d’exploitation dans la mesure où les immeubles litigieux étaient réservés au marché locatif commercial du canton et non exploités directement par leur propriétaire. La répartition directe effectuée était dès lors conforme à la jurisprudence du Tribunal fédéral.