La Fédération X. a soutenu que le bénéfice imposable 2004 devait être réparti par quote-parts en fonction du chiffre d’affaires (rendement brut). Les principes de l’interdiction de la discrimination fiscale ainsi que de l’imposition selon la capacité économique devaient conduire à ce que des immeubles servant de placement de capitaux bénéficient de la réduction pour participations à raison de 100 %. A titre subsidiaire, elle a proposé un calcul précis de la manière dont le canton de Neuchâtel devait être contraint de supporter la perte d’exploitation de la Fédération X. pour l’année fiscale 2004, avec pour résultat d’annuler le bénéfice de cette année.