La Fédération X. a soulevé une réclamation contre la taxation définitive du 4 mars 2008, en concluant principalement à ce que, sans égard pour la qualification fiscale des immeubles (immeuble de placement ou établissement stable), la réduction pour participations soit accordée à 100 % sur les bénéfices attribués au canton de Neuchâtel et, subsidiairement, à ce que le canton de Neuchâtel prenne en charge la perte d'exploitation dans le rendement net des immeubles qui lui étaient attribués, ce qui conduisait à un bénéfice imposable de zéro franc pour l'année considérée. La Fédération X. a exposé que jusqu'à l'année fiscale 2004, la répartition intercantonale était effectuée de manière