La Fédération X. est propriétaire de deux immeubles dans le canton de Neuchâtel et se trouve de ce fait assujettie de manière limitée sur le bénéfice et le capital dans le canton. Dans le cadre de la déclaration d'impôt pour l'année 2004, la Fédération X. y a déclaré un bénéfice de 42'596 francs et un capital de 9'080’310 francs, son activité dégageant globalement 56'094'915 francs de bénéfice, le capital s'élevant à 1'591'209'221 francs, répartis entre les cantons de Zurich et Neuchâtel. En tête de la déclaration figuraient les estimations cadastrales, d'un montant de 51'755'000 francs pour l'immeuble de [...] et de 5'590'000 francs pour celui de [...], soit un total de 57'345'000 francs.