Reprenant l'affaire après une procédure pour déni de justice, la commission d'estimation a statué par décision du 6 novembre 2008, par laquelle elle a constaté que la transaction du 6 septembre 2000 valait prononcé d'estimation, qu'elle était intégralement valable et qu'elle était définitive et exécutoire. La commission a considéré, en résumé, que le procès-verbal du 6 septembre 2000 constituait un contrat de droit administratif (contrat d'expropriation au sens large); qu'il devait être interprété conformément aux règles de la bonne foi, qui conduisent en l'espèce à considérer que les différentes clauses qu'il contient forment un tout censé mettre fin au litige;