Les frais de pension des EPO, facturés au service de la santé publique, chargé de l'exécution de la mesure d'internement, puis, dès 1998, au service des mineurs et des tutelles, ont été payés par le service de l'action sociale (SAS). Les frais médicaux encourus par le condamné ont été, quant à eux, gérés en principe par le tuteur à compter de l'automne 1997.
Durant l'année 2006, X. a subi divers traitements médicaux en milieu hospitalier en raison d'atteintes à sa santé physique. Il en est résulté des frais de l'ordre de 260'000 francs, dont seulement 104'000 francs auraient été pris en charge par l'assurance-maladie, le solde étant supporté par l'Etat.