Une enquête préliminaire a été confiée au juge d'instruction de Neuchâtel. Au terme d'une procédure très longue, qui a donné lieu à la constitution d'un dossier particulièrement touffu de plusieurs centaines de pages, le juge d'instruction de Neuchâtel a, en date du 1er septembre 2008, proposé au ministère public le classement sans suite du volet pénal de l'affaire.
S'agissant de la troisième plainte, peut-être seule relevante en l’espèce, X. s'en prend systématiquement, pour reprendre les termes du juge d'instruction, "pratiquement à la majorité des personnes chargées d'établir les faits". Elle estime qu'on a falsifié son dossier.