L'article 44 LCNP prévoyait que l'intégration au CNP des hôpitaux psychiatriques et des autres institutions devait être négociée avec leurs propriétaires. En l'occurrence, une convention d'intégration a été conclue le 4 septembre 2008 entre le CNP et l'Hôpital psychiatrique et ratifiée par le Conseil d'Etat par arrêté du 15 décembre 2008. Au vu des travaux préparatoires, il ne devait toutefois être question que du transfert du patrimoine administratif (sur la notion, cf. Knapp, Précis de droit administratif, nos 2902 ss) de l'hôpital psychiatrique cantonal (BGC 2007-2008 – Tome 1, p. 136), sans inclure les engagements de l'Etat en matière de responsabilité médicale.