Le 19 mars 2008, celui-ci a procédé à l'audition des deux jeunes filles ainsi qu'à celle de leur mère et est arrivé à la conclusion que les abus n'étaient pas crédibles. A l'insistance de S., le service a finalement dénoncé l'affaire aux autorités pénales vaudoises, le 11 août 2008. Par courrier du 15 août 2008, S. a d'ailleurs directement saisi le juge d'instruction vaudois.
B. Le ministère public neuchâtelois a sollicité la transmission de l'entier du dossier du Service de la protection de la jeunesse vaudois ainsi que l'entier des correspondances que S. avaient adressées au juge d'instruction du canton de Vaud.