Déposé dans les formes et délai légaux, le recours est recevable. Si, de manière générale, les nouvelles pièces sont irrecevables devant la Chambre d'accusation, la copie d'un jugement du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 19 juillet 2002 qui est annexé au recours peut être admise, s'agissant de jurisprudence.
2. A titre liminaire, la recourante observe que le dossier, remis par le juge d'instruction, comporte 3 classeurs et des pièces numérotées de D.1 à D. 1355, et qu'il peut être qualifié de volumineux. Elle reproche au ministère public de n'avoir pas pu procéder à une vérification critique du raisonnement du juge d'instruction entre les 1er et 3 septembre 2008.