Une enquête préliminaire a été confiée au juge d'instruction de Neuchâtel. Au terme d'une procédure très longue, qui a donné lieu à la constitution d'un dossier particulièrement touffu de plus de 1'300 pages, le juge d'instruction de Neuchâtel a, en date du 1er septembre 2008, proposé au ministère public le classement sans suite du volet pénal de l'affaire.
A l'appui de son préavis, le juge d'instruction retient en substance ce qui suit. S'agissant de la première plainte de L., il s'appuie sur l'expertise confiée par la Ville [...] à Me Z. qu'il considère comme une analyse fine, correctement étayée et basée sur des éléments suffisants. Il convient à ses yeux d'en suivre les conclusions.