Le canton répond de ses agissements en vertu de l'article 5 LP, qui institue une responsabilité directe causale et exclusive pour ses activités (Dallèves, Commentaire romand, N.1 et ss ad art.5 LP). Les dispositions pour lesquelles le recourant est prévenu, en particulier l'article 138 concernant l'abus de confiance ont le même objet que l'article 141 bis CP dont il est question à l'ATF 121 IV 258 (ATF 116 IV 134, cons.2b/bb et Hurtado Pozzo, Droit pénal, partie spéciale I, 3ème éd., N.864). Dans ces conditions, c'est à bon droit que la juge d'instruction a admis la qualité de partie plaignante de l'Etat de Neuchâtel.
3. Le recours doit être rejeté.