Dans le cadre de l'instruction, la plaignante et le prévenu ont été interrogés ou entendus plusieurs fois, ainsi que leurs proches. W. a été soumis à une expertise psychiatrique par ordonnance du 26 février 2004. L'expert a rendu son rapport le 8 juillet 2004 (D.163 ss).
Alors qu'au début de l'enquête, la recourante déclarait que son beau-père avait abusé d'elle dès son plus jeune âge, les abus se poursuivant jusqu'à ce que la victime ait 16 ans (D.5 ss, D.67 ss), et que le prévenu admettait lui même, tant devant la police (D. 44 ss) que devant le juge d'instruction (D.74 ss), qu'il avait eu un comportement inadéquat, les deux intéressés se sont rétractés par la suite (D.134, D.89 ss).