H.SA requiert que les dépens soient fixés à 85'000 francs, que l'Etat de Neuchâtel soit condamné à lui restituer son avance partielle des frais d'expertise par 10'000 francs et qu'il lui soit alloué en sus une compensation "non négligeable" (sic) des dommages causés par le juge d'instruction, estimés à 120 millions de francs. Dans un courrier ultérieur du 7 octobre 2002, qui fait suite aux observations du juge d'instruction sur le recours de H.SA, cette dernière demande entre autre la récusation de deux juges, soit le juge Jacques-André Guy et le juge Claude Bourquin.