Au moment de fixer la mission d’expertise, le juge doit se préoccuper des honoraires prévisibles de l’expert pour éviter d’engager des frais disproportionnés à l’importance de la cause (Pierre Cornu, Résumé de procédure pénale neuchâteloise, Neuchâtel 1995, p.102). Lorsqu'il demande une avance de frais au plaignant avant d’ordonner l’expertise, le juge dispose d’un large pouvoir d’appréciation pour en fixer le montant (RJN 5 II 65, 72-73). Sa décision en la matière peut faire l’objet d’un recours à la Chambre d’accusation, qui ne sanctionnera que les cas d'abus (RJN 5 II 65, 69; RJN 5 II 141).