Le recours est fondé. Il sera dès lors statué sans frais (art.240 al.3 CPP), ni dépens.
Par ces motifs,
LA CHAMBRE D’ACCUSATION
1. Annule la décision du 29 janvier 2001 du juge d'instruction de Neuchâtel.
2. Invite le juge d'instruction à procéder à la confrontation des deux prévenus.
3. Statue sans frais ni dépens.