Il en va de même lorsque plusieurs personnes ont participé à une entreprise délictueuse, en commettant des infractions qui relèvent ordinairement de juridictions différentes. L'article 45 al.2 CPP prévoit toutefois que si la jonction des causes peut entraîner des inconvénients graves pour une saine justice, le magistrat saisi peut prononcer la disjonction.
Il a déjà été jugé que les prescriptions sur la jonction et la disjonction des causes sont de simples règles d'ordre, leur application étant laissée en principe à l'appréciation de l'autorité saisie de la cause.