Comme le relève le rapport du Conseil d'Etat au Grand Conseil du 11 février 1998 (BGC vol.163 II, p.1543), le classement par opportunité n'implique pas le droit de mettre arbitrairement fin à la poursuite pénale, sans quoi le principe de l'égalité devant la loi ne serait plus respecté, et il ne saurait faire obstacle à une saine application du droit matériel fédéral. A cet égard, le Tribunal fédéral a admis qu'une décision de classement n'était admissible que dans certaines limites, et qu'il violait le droit fédéral s'il trahissait une volonté de l'autorité compétente de ne pas appliquer le droit fédéral ou d'en modifier la portée;