Le droit à la compensation de l'Etat sera ainsi réservé en conséquence.
Par ces motifs,
LA COUR PENALE
1. Admet l'appel au sens des considérants et annule l'ordonnance du 10 mai 2011 du Tribunal de police du Littoral et du Val-de-Travers.
2. Fixe à 26'400 francs l'indemnité due par l'Etat à l'appelant pour l'indemnisation d'une détention injustifiée.
3. Dit que seule la moitié de l'indemnité d'avocat d'office due par l'Etat aux défenseurs successifs de l'appelant pour la procédure de première instance sera remboursable aux conditions de l'article 135 al.