Le tarif horaire applicable dans le cadre de l'article 429 al.1 let. a CPP doit correspondre au tarif usuel du barreau applicable dans le canton où la procédure se déroule (arrêt du Tribunal fédéral du 4.11.2013 [6B_392/2013] cons.2.3), qui se situe dans le canton de Neuchâtel entre 250 et 265 francs par heure. Ainsi, tout bien considéré, un montant de dépens de CHF 650.- semble équitable dans la présente cause.
Par ces motifs,
l'Autorité de recours en matière pénale
1. Admet le recours et renvoie la cause au Ministère public, au sens des considérants.
2. Laisse les frais du présent arrêt à charge de l'État.
3. Alloue au recourant une indemnité de dépens de CHF 650.-.