Une note du Procureur général retraçant l'entretien téléphonique figure au dossier et est datée du 26 avril 2013.
Le prochain acte documenté au dossier est un courrier adressé le 2 mai 2013 par le procureur suppléant extraordinaire E. à la Cour de droit public du Tribunal cantonal pour solliciter la production du dossier lié au licenciement de X. L'instruction de la cause a depuis lors été menée par le procureur suppléant extraordinaire E., qui a notamment entendu D. le 28 mai 2013 et F. ingénieur système au SIEN, le 3 juillet 2013.
B. Le 14 août 2013, le mandataire constitué par la plaignante s'est adressé au Ministère public