Au vu de ce qui précède, le recours doit être admis et la décision annulée.
Vu l'admission du recours, les frais de justice resteront à la charge de l'Etat (art. 428 al. 4 CPP), qui versera par ailleurs une indemnité de dépens à la recourante (art. 436 al. 3 CPP – l'avocat plaidant sa propre cause pouvant également prétendre à des dépens : [6B_124/2012]).
Par ces motifs,
l'Autorité de recours en matière pénale
1. Admet le recours et annule la décision du 13 août 2012.
2. Dit que X. est désignée défenseur d'office de B. du 23 mars 2012 au 12 juin 2012 et invite le Ministère public à fixer le montant de l'indemnité qui lui est due.
3. Laisse les frais à la charge de l'Etat de Neuchâtel.
4.