Vu ce qui précède, le recours est bien fondé. Les frais du présent arrêt seront laissés à la charge de l'Etat, le prévenu ayant en outre droit à une indemnité de dépens.
Par ces motifs,
l'Autorité de recours en matière pénale
1. Admet le recours au sens des considérants et annule les chiffres 4, 5, 6 et 8 de l'ordonnance rendue par le Ministère public le 10 juillet 2012.
2. Dit que l'ordonnance précitée sera complétée comme suit :
"4. [néant]
5. Ordonne le classement de la procédure en faveur de X.
6. Ordonne la restitution à X. du montant de 91'664.05 francs saisi par le procureur le 13 janvier 2012 et la levée du blocage du compte E[…] de la banque N. en faveur de X.
7. [inchangé]
8.