La durée revendiquée n'ayant ici pas été remise en cause par le premier juge, il n'y a pas lieu d'y revenir.
5. Pour ces motifs, le recours doit être partiellement admis et l'ordonnance du juge du tribunal de police du Littoral et du Val-de-Travers du 29 mars 2012 réformée. Sur la base des mémoires d'honoraires des 8 juillet 2011 et 2 février 2012, l'Autorité de céans peut rendre une nouvelle décision au sens de l'article 397 al. 2 CPP. L'indemnité due par l'Etat à X. doit dès lors être fixée à 1'366,20 francs, soit 1'150 francs en chiffres ronds d'honoraires (4h20 x 110 et 3h45 X 180), 115 francs de frais et débours et 101.20 francs de TVA, sous déduction des 766.25