Au vu de ce qui précède, le recours doit être admis et les frais de justice laissés à la charge de l'Etat. Il n'est pas dû de dépens, le recourant n'étant pas représenté en procédure.
Par ces motifs,
l'Autorité de recours en matière pénale
1. Annule l’ordonnance attaquée et renvoie la cause au ministère public au sens des considérants.
2. Laisse les frais judicaires à la charge de l’Etat, sans dépens.
1 Lorsque la procédure préliminaire porte exclusivement sur des infractions poursuivies sur plainte, le ministère public peut citer le plaignant et le prévenu à une audience dans le but d'aboutir à un arrangement à l'amiable.