A. Le 2 avril 2012, Y. promenait ses deux chiens, rue [aaaa], à La Chaux-de-Fonds. Alors qu'elle se trouvait à la hauteur de l'immeuble no […], ceux-ci ont uriné sur la façade de la maison, propriété de X. Ce dernier qui se trouvait à proximité est immédiatement intervenu. Une altercation entre les deux protagonistes s'en est suivie.
B. Le 3 avril 2012, Y. a porté plainte contre X. pour voies de fait (art. 126 CP), lésions corporelles (art. 123 CP), menaces (art. 180 CP) et injures (art. 177 CP). Lors de l'instruction, la plaignante a été entendue à trois reprises par la police les 2, 3 avril et 26 juillet 2012.