Fondé sur ce qui précède, il y a donc lieu d'admettre le recours et de renvoyer la cause à la première juge au sens des considérants. Les frais du présent arrêt seront laissés à la charge de l'Etat et il ne sera pas alloué de dépens, le recourant n'ayant pas été assisté.
Par ces motifs,
L'AUTORITE DE RECOURS EN MATIERE PENALE
1. Admet le recours et renvoie la cause au Tribunal de police du Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers, à Neuchâtel, au sens des considérants.
2. Laisse les frais à la charge de l'Etat.
3.