A. Y. et X. se sont mariés en 1998. Ils ont deux enfants, A., né en 1998, et B., né en 2002. Les parties se sont séparées en février en 2006. Suite à leur séparation, les parties ont vécu sous le régime d'une ordonnance de mesures protectrices du 27 avril 2007, laquelle a attribué la garde des enfants à la mère, fixé un droit de visite étendu pour le père et réglé la contribution due par le père aux enfants.
Par décision du 18 février 2009, l'Autorité tutélaire du district du Locle a pris note de l'instauration d'une mesure de curatelle au sens de l'article 308 al.